El lugar de Botaya, aparece citado por primera vez en un documento del monasterio de Santa Cruz de la Serós del año 1149, aunque desde siempre estuvo bajo el dominio de San Juan de la Peña, al menos hasta el año 1610, fecha del último documento conservado que nos habla de esta vinculación.

Situada a las afueras de la población y actualmente, haciendo la función de capilla del cementerio, encontramos la iglesia de San Miguel. Se edificó en el siglo XII y casi no ha sufrido transformaciones a lo largo de los siglos. Se mantiene en pie en parte gracias al empuje y esfuerzo del cura de Botaya, mosén Benito que personalmente ha limpiado y consolidado el templo.

Tiene una sola nave, rematada al este por un ábside semicircular, precedido de un amplio presbiterio.

El ábside se alza sobre un alto podio decorado con bezantes, el mismo motivo que encontramos en la moldura que rodea la ventana, que se abre en la parte central.

Una ventana, situada en el muro sur y de arco monolítico ilumina el presbiterio y otra la nave.

El ábside se cubre con bóveda de cuarto de esfera, mientras que el presbiterio tiene bóveda de cañón. La unión entre estas vueltas y muros laterales está recorrida por una sencilla imposta.

El ábside, como sucede en muchos otros templos, es más estrecho que la nave, pero en este caso también lo es respecto al presbiterio. Este espacio existente entre el ábside y el presbiterio se decoró con una pequeña imposta.

Desgraciadamente la vegetación no nos permitió acercarnos más, ni fotografiar los motivos vegetales con que está esculpido el fragmento del lado sur.

La puerta de acceso se encuentra en el muro sur.

Está formada por un arco de medio punto, que rodea a un bello tímpano esculpido. En él se representa a Cristo en Majestad en la mandorla, rodeado por dos ángeles con las alas desplegadas.

Sobre la puerta, un Crismón, muy erosionado y girado.

En todo el muro sur podemos ver varias ménsulas, que seguro servían de apoyo a algún porche o galería claustral.

El muro oeste sorprende por su decoración o estructura. En la parte superior podemos ver una moldura, bajo la cual los sillares están dispuestos de tal manera que se deja un espacio vacío entre ellos. Una estructura similar la encontramos en el templo de San Bartolomé de Muro de Roda. En ambos casos se desconoce si se trata de un motivo decorativo o bien una solución para aligerar el peso del muro.

Una inquietante grieta se abre en el lado izquierdo.